Entre 1993 a 1995, Padilla encabezó la temida Brigada 20 del Ejército colombiano, que consolidó actividades de inteligencia militar hasta 1998, cuando fue abolida, en parte debido a la fuerte preocupación por los derechos humanos. El informe sobre los derechos humanos del Departamento de Estado (E.U) de 1997 señaló que “el Gobierno y oficiales militares acreditaron los informes de asesinatos aislados cometidos por al menos una unidad del ejército, la Brigada 20 de Inteligencia.” Añadido a un informe de Human Rights Watch de 1998, “La Vigésima Brigada está también implicada en el asesinato de defensores de los derechos humanos, entre ellos, Jesús María Valle, presidente del comité permanente de Derechos Humanos de Antioquia , y Eduardo Umaña, un destacado abogado de derechos humanos”.